合资办学和独立学院都是非公立的高等教育机构，但在机构性质、创办方式、教学管理等方面有着一些不同。

1. 机构性质不同：合资学校是指由个人、企业、社会团体、宗教机构以及外商投资等非国有资本的单位经审批，设立并在国家规定的范围内从事教育教学活动的全日制、半日制或业余制社会教育机构。而独立学院则是指经教育部或省级教育行政部门批准，由民间资本投资、独立举办的具有独立法人资格的本科高等教育机构。

2. 创办方式不同：合资学校是由非国有资本单位投资兴办的教育机构，而独立学院则是由民间资本投资、独立举办的高等院校，它们的创办方式和资源来源都有所不同。

3. 办学层次不同：合资学校在高等教育领域多数以职业技术教育为主，以本科教育为主的民办本科学校较少。而独立学院则是以开展本科教育为主要办学层次，可以颁发学士学位文凭，并在一定条件下可申请开展硕士研究生教育。

4. 教学管理方式不同：合资学校和独立学院在教学管理和评估等方面也有所不同。民办学校的教学管理和评估主要受教育行政部门和相关协会的监管和评审。而独立学院则由国家、地方和教育行政部门实施教育管理和质量评估。