广州人才绿卡和花都人才绿卡都是为了吸引高层次人才来到广州和花都发展，提供一系列的优惠政策和服务。

具体的区别如下：

1. 申请条件不同。广州人才绿卡适用于在广州市范围内工作生活的高层次人才，包括具有博士学位、硕士学位、本科学位和技能人才等。而花都人才绿卡则是针对在花都区工作、生活、学习的高层次人才，也包括具有博士学位、硕士学位、本科学位和技能人才等。

2. 优惠政策不完全相同。虽然广州人才绿卡和花都人才绿卡都提供了一系列的优惠政策，如购房补贴、子女教育、医疗保障等，但具体政策内容和标准可能存在差异，需要根据实际情况进行了解。

3. 管理机构不同。广州人才绿卡的管理机构是广州市人力资源和社会保障局，而花都人才绿卡的管理机构是花都区人力资源和社会保障局，两者的申请流程和管理机制也可能存在差异。总的来说，具体选择哪一个，需要根据自身情况和需求进行评估。