启东市百杏中学是2004年由启东市汇龙中学依据国家《民办教育促进法》独资兴办的民办初中。

2010年暑期开始，学校按照上级要求停止民办招生，实施就近免试入学的义务教育，实现了从民办招生向免费公办招生的平稳过渡。

2014年6月，根据启编发〔2014〕6号文件，启东市百杏中学正式单独建制，地址为启东市汇龙镇长江东路118号。学校现总占地面积41968平米，建筑面积21834平米。学生总数为1481人，办学规模30班，实行均衡编班。现有教职工177人，其中专任教师164人。