一、录取分数线不同，中考择优录取的分数线是由市（县）招生办划定。

全市（县）高中按照中考成绩从高到低依次进行录取。这样的录取会使得一些教育水平相对落后的初中学校，例如一些农村的乡中，成长结合部的重点高中上线率基本为零。而指标到校是指高中学校拿出一部分名额，分配到各个初中学校，成绩好的学校分数线偏高，成绩差的学校分数线则偏低。

二、录取对象不同。中考择优录取的对象是全市中考考生，全市中考考生采用统一中考分数线，超过规定的分数线就可以被录取到相应的高中学校。指标生则是在达到规定指标生分数线的情况下，由高分到低分依次类推。

三、招生比例不同。近年来为了促进教育公平，拒绝择校热，指标生所占比例正在逐年提高，有的地区指标生相对多一些，而指标生政策的使得一些教育水平相对较差的学生也有了上重点高中的机会。而统招生所占比例正在逐年下降。