民办非企业单位的应缴纳以下税种： 1、增值税，小规模纳税人税率3%（全部收入为计税依据不减除成本费用），一般纳税税率6%-16%；或营业税，税率（3%-20%） 2、城建税。

按缴纳的营业税缴纳； （1）纳税人所在地在市区的，税率为7％； （2）纳税人所在地在县城、镇的，税率为5％； （3）纳税人所在地不在市区、县城或镇的，税率为1％ 3、教育费附加，按缴纳的营业税的3%缴纳； 4、地方教育费附加，按缴纳的营业税的2%缴纳； 5、水利基金，按缴纳的营业税的1%缴纳； 6、印花税。印花税：合同按金额的万分之三贴花； 6、所得税。 7、土地使用税。一般规定每平方米的年税额，大城市1.5元至30元；中等城市1.2元至24元；小城市0.9元至18元；县城、建制镇、工矿区0.6元至12元。”。 8、房产税。应纳税额=应税房产原值×（1-扣除比例）×年税率1.2% 9、车船使用税。