土木工程系是应用广泛的专业，所以基本上所有理工科大学都设有士木工程专业，而且是大系和重点专业，所有211工程大学也都设有土木工程系，南京土木工程系很好的院校有，985的东南大学；

211工程大学分别是南京航空航天大学，南京理工大学，河海大学，南京农业大学，江苏省重点院校之一的南京工业大学，等等。