学校始建于1958年；2000年由原内蒙古民族师范学院、内蒙古蒙医学院、哲里木畜牧学院合并组建而成。

2006年，学校被确立为自治区重点大学；2009年，国家民委与内蒙古自治区签署协议共建学校。蒙药学获批服务国家特殊需求人才博士点培养项目。截止到2020年6月，学校有霍林河、西拉木伦2个校区，占地面积104.34万平方米，校舍建筑面积41.14万平方米,固定资产总值10.58亿元，教学科研仪器设备总值3.87亿元，馆藏纸质图书174.13万余册；设有24个教学单位、6个教辅单位、1个附属单位，开设本科专业75个；有教职工2054人；全日制在校学生22457人，其中普通本科学生20614人、普通专科学生266人、少数民族预科学生116人、硕士研究生1124人、博士研究生20人、留学生250人。少数民族学生数占学生总数的47.01%，涵盖29个民族。