独立学院的本科毕业证书加盖的是本科独立学院的印章，与其他普通高等学校本科毕业证书一样都是国家承认的普通高等学校本科毕业证书。

目前独立学院只能颁发独立学院毕业文凭，不能颁发校本部毕业证书。其发放的本、专科毕业证书上均须署名独立学院学校全称，例如×××大学××学院（分校）毕业证书上的署名即为“×××大学××学院（分校）”。独立学院与其它普通高等学校一样，都是国家承认的具有高等学历教育招生资格的普通高等学校。不同之处在于录取工作一般被安排在本科二批次或三批次进行，学费标准一般略高于其它普通高