福建省的民办专科和公办专科在教育资源、学费、就业等方面存在一定差异。

首先，从教育资源来看，公办专科院校通常拥有更丰富的教育资源，包括师资力量、教学设施等。而民办专科院校则可能在某些专业领域具有特色和优势。其次，在学费方面，民办专科院校的学费通常较高，因为其资金主要来源于民间投资。而公办专科院校的学费相对较低，因为其资金主要来源于政府财政拨款。最后，在就业方面，公办专科院校毕业生的就业率和社会认可度可能略高于民办专科院校。但具体还需根据各院校的专业设置、教学质量等因素来综合判断。