公办本科三本和二本主要区别在于教育资源、学费及录取分数线。

三本通常指民办或独立学院，其学费较高，师资力量相对较弱；而二本为公办普通本科院校，学费较低，且享有更多政府资源支持，师资力量较强。在录取分数线方面，二本普遍高于三本，反映出教育质量与生源水平的差异。