清税证明办理步骤如下：
1、需先进行清税申报，向税务机关填报《清税申报表》；
2、税务机关在结清应纳税款、多退（免）税款、滞纳金和罚款，缴销发票和其他税务证件后，向纳税人出具《清税证明》。
因税务机关的责任，致使纳税人、扣缴义务人未缴或者少缴税款的，税务机关在三年内可以要求纳税人、扣缴义务人补缴税款，但是不得加收滞纳金。
因纳税人、扣缴义务人计算错误等失误，未缴或者少缴税款的，税务机关在三年内可以追征税款、滞纳金；有特殊情况的，追征期可以延长到五年。对偷税、抗税、骗税的，税务机关追征其未缴或者少缴的税款、滞纳金或者所骗取的税款，不受前款规定期限的限制。