税务机关的义务是指税务机关依法对纳税人、扣缴义务人在银行或者其他金融机构的存款账户进行检查的义务。税务机关的义务包括依法办理税务登记并开具完税凭证、保密、多征税款立即返还、实施税收保全过程中的义务、受理复议、承担举证责任。
税务机关因税务检查等原因掌握纳税人的经营、财务状况或个人财产状况时，必须为其保守秘密。
纳税人超过应纳税额缴纳的税款，税务机关发现后经核实无误，有义务立即返还。
税务机关采取保全措施不当，或者纳税人在限期内已缴纳税款，应立即解除保全措施；税务机关扣押商品、货物或其他财产时，必须开付收据；查封商品、货物或其他财产时，必须开付清单。
纳税人对税务机关的具体行政行为不服，申请上一级税务机关复议，凡符合法定复议受理条件的，税务机关都有义务受理，并在规定的期限内做出复议决定。