个人独资企业按照实行查账征税办法的，比照个体工商户的生产、经营所得，适用5％-35%的超额累进税率。
个人独资企业实行核定征收方式缴纳个人所得税的，则应按不同行业适用不同税率幅度。对于工业、交通运输业、商业，适用5%至20%的应税所得率。对于建筑业、房地产开发业，适用7%至20%的应税所得率。对于饮食服务业，适用7%至25%的应税所得率。对于娱乐业，适用20%至40%的应税所得率。对于其他行业，适用10%至30%的应税所得率。
若个人独资企业经营多个行业的，无论其经营项目是否单独核算，均应根据其主营项目确定其适用的应税所得率。