教育部指定伊犁师范大学对口支援学校主要有南京大学、西南大学、东北师范大学、南京师范大学以及与伊犁师范大学建立长期对口支援关系的湖南大学、陕西师范大学、北京语言大学、山东理工大学、徐州工程学院、北华航天工业学院等12所内地知名高校。