在牡丹江市高校排名中，牡丹江师范学院排名第一，牡丹江医学院排名第二，黑龙江农业经济职业学院排名第三，牡丹江大学排名第四，黑龙江林业职业技术学院第五，黑龙江商学院第六，黑龙江幼儿师范高等专业学校第七。仅供参考。

若按武书连版高职高专综合实力排行榜看，牡丹江大学2020年全国排名第615位，在黑龙江排名第10位；2019年全国排名第524位，在黑龙江排名第8位。