蛋白质数据分析使用的方法有很多，具体取决于蛋白质的性质。

一般来说，蛋白质数据分析包括但不限于以下几种：1、蛋白质结构分析：运用分子对接（Molecular Docking）和模拟预测（Molecular Simulations），探究蛋白质结构的元素机制。

2、蛋白质的功能分析：采用计算机模拟和实验技术，研究蛋白质功能的机理。

3、蛋白质相互作用分析：使用生物信息学技术，探究蛋白质间的互作关系。

4、蛋白质表达分析：采用实验方法，检测不同样本中蛋白质表达的表达水平。

5、抗体应答分析：使用免疫原学方法，研究蛋白质在不同情况下的生物学功能。