埃托奥在巴塞罗那一共待了5个赛季。

2004-2005赛季以2；400万欧元加盟巴塞罗那，在联赛共射入24球，成为锋线主力，并随队获得当赛季的西甲冠军。

2008-09赛季，埃托奥在西甲联赛射入30球，在欧冠决赛再次取得入球，协助球队以2-0击败曼联再次赢得冠军。最终协助巴塞罗那夺得西甲冠军、国王杯冠军和欧洲冠军联赛冠军，为巴塞罗那的三冠王立下汗马功劳。在巴塞罗那，萨穆埃尔·埃托奥·菲尔斯帮助球队夺取了3次西甲冠军(05,06,09)、两次欧冠冠军(06,09)，个人进球达到108个，成为西甲历史上进球最多的非洲球员。