东南大学的九龙湖校区主要是理工科专业为主，电子科学与技术、自动化、机器人工程、生物医学工程、生物信息学、智能医学工程、电气工程及其自动化、交通工程、交通运输、道路桥梁与渡河工程、城市地下空间工程、测绘工程、金属材料、土木工程材料、电子信息材料、材料加工等。

东南大学的四牌楼校区主要是以文科专业为主