概念的范围不同：生物合成是化学合成的一种。

化学合成是以得到一种或多种产物为目的而进行的一系列化学反应，并不必须有生物体参与反应过程，可以在无机物和非生物的有机物中进行。生物合成是在生物体内进行的化学合成，通常是较为简单的物质在酶的催化作用下转变为较为复杂的物质，通常是生物代谢途径的一部分。由于地球生物的现实情况相当混沌，生物合成的产物难以期待纯度，往往是复杂的混合物，理化性质不容易完全把握、容易被意料之外的物质污染、不易纯化，分子量通常较大，作为药物难以通过血脑屏障之类且可能有抗原性。生物合成人胰岛素之类较为成熟的产品并不多见。