江苏海洋大学现有6个一级学科硕士学位授权点和5个专业硕士学位授权点。

海洋科学、机械工程、化学工程与技术、测绘工程、农业5个硕士学位授权点通过学位授权点专项评估。

2017年，学校获批江苏省博士学位授予立项建设单位（2017-2023），水产、海洋科学、机械工程、化学工程与技术、药学为博士点培育学科。目前，已与东南大学、南京理工大学等开展博士联合培养。