南京理工大学全日制学术学位硕士研究生学费标准为8000元/生·学年，全日制专业学位硕士研究生学费一般为10000元/生·学年（其中会计硕士43200元/生·学年，中法工程师学院42000元/生·学年），非全日制硕士研究生全过程学费有4.5万元、5万元、6万元等不同收费标准。

现在没有公费自费区分了，已经改为奖学金制度了。