可以上学。

因为南京市规定，灵活就业人员可以通过缴纳社保来享受社会保障，包括子女入学、住房公积金等。同时，南京市也实行义务教育阶段的"普惠政策"，即对所有适龄儿童提供免费的义务教育，包括灵活就业人员的子女。因此，南京的灵活就业人员的子女是可以享受义务教育的，在南京入学是没有问题的。但是，在享受这些政策时，灵活就业人员需要注意备齐相关的材料和手续，并及时缴纳社保等，以免错过子女入学的时机。同时也需要了解、关注相关政策的变化，保障自身及子女的权益。