根据东南大学官方数据，截至2020年，东南大学本科毕业生最多的系是计算机科学与工程系。

该系毕业生数量一直保持较高水平，且就业率也较高。其他人数较多的系还包括电子科学与工程系、化学化工学院、土木工程学院等。需要注意的是，具体的毕业生人数可能会因年份和专业的变化而有所不同。