南京交通科技学校目前有四大校区。

浦口校区坐落于浦口大学国家高新技术开发区，位于浦口区东大路2号，占地300余亩，建筑面积8万多平方米。双龙街校区位于江宁区双龙街双麒路60-1号，占地150余亩，建筑面积4万多平方米。湖熟校区坐落于风景秀丽的江宁风景区，毗邻江宁大学城，位于江宁区湖熟润湖大道40-1号，占地面积300余亩，建筑面积8万多平方米。实训中心设置于淳化校区。南京交通科技学校是江苏省人力资源和社会保障厅批准成立，属于国民教育序列的全日制民办技工学校，前身为南京海员技术学校。具有航海教育和考证资质的江苏省省级重点学校。