这些微生物的化能合成作用，对维持地球上物质循环的平衡以及对净化环境具有重要作用。

例如，土壤中硝化细菌的活动，可提高土壤肥力，增加植物可利用的氮素营养。利用硫细菌可降低土壤pH值，提高土壤矿质盐的可溶性，从而改善作物的矿质营养。利用某些自养微生物的化能合成作用，可在贫矿尾矿中进行细菌浸矿。还可利用氢细菌进行单细胞蛋白生产，其最大优点在于原料取之不尽。但某些菌亦可造成对人类的危害，例如对金属的腐蚀等。在海底，几乎没有光照的情况下，进行光合作用是不可能的。但是，那些能进行化能合成作用的生物仍旧可以作为生产者进行正常的生长，这就使得大洋底下的生态系统得以继续延续了。因此，在某些方面而言，进行该种化能合成作用的生物也是自然界中不可缺少的一部分。