南开大学近代史专业隶属于历史学院，成立于2000年10月。

下设3系、3所、3中心，即历史学系、世界史学系、文物与博物馆学系、历史研究所、中国近现代史研究所、古籍与文化研究所、日本史研究中心，美国历史与文化研究中心、拉丁美洲研究中心。系、所、中心之下又有若干个教研室、研究室。上述9个单位，皆与历史系有着渊源关系，脱胎于历史系。现任院长为江沛教授。

2010年，按教育部规定，历史学一级学科分成中国史、世界史和考古学三个一级学科。本院三个一级学科均获得教育部认定。在2005年和2008年由教育部主持的学科评估活动中，历史学科均名列全国第二。