综合实力南昌大学要比福州大学更强一些，不过差距不大，两者也各有优势。

在2016-2017年中国一流大学（100强）排行榜中，南昌大学位于75名，福州大学位于83名。福州大学的优势学科主要是土木工程、数学、管理科学与工程、电气工程、机械工程、材料科学与工程；南昌大学的优势学科主要是材料科学与工程、食品科学与工程、机械工程、临床医学、环境科学与工程、生物学、管理科学与工程、化学工程与技术等。