能源与动力工程学院已有五十余年的办学历史，始建于1958年，当年招收首届"电厂热能动力装置"专业中专班，1959年招收"电厂热能动力装置"专业大专班；2000年原南京电力高等专科学校与原南京机械高等专科学校合并升格成立南京工程学院，同年招收"热能与动力工程"专业首届本科班；2010年开始与扬州大学联合培养工程硕士，开设南京工程学院首个硕士班。

五十余年中为社会输送了一大批工程技术人才，凝聚了几代人的心血和汗水。1991年被首批评为江苏省"普通高校优秀学科梯队"；2005年被江苏省列为普通高校重点建设学科。热能与动力工程专业被评为江苏省普通高校特色专业和学校品牌专业；2008年热能与动力工程专业被评为国家普通高校特色专业；2010年热能与动力工程成为教育部首批"卓越工程师计划"试点专业。能源与动力工程学院举办有能源与动力工程、火电厂集控运行、核电厂集控运行、核工程与核技术、生产过程自动化技术、制冷与空调、建筑环境与能源应用工程3个专业8个专业方向。