南京大学拥有15个世界一流建设学科，数量位居全国第6。

这些学科可以称得上是王牌学科，有物理学，化学，天文学，生物学，材料科学与工程，中国语言文学，哲学，外国语言文学，计算机科学与技术，化学工程与技术，大气科学，地质学，图书情报与管理，环境科学与工程，矿业工程。在教育部第四次学科评估中，南京大学一共有21个A档学科，其中有3个A+档学科，分别是图书情报管理，天文学，地质学，这3个学科是南京大学最王牌的学科。另外还有11个A档学科；7个A-档学科。南京大学拥有8个国家一级重点学科，不用说，这些学科都在实力强劲的王牌学科之列，分别是中国语言文学，数学，物理学，化学，天文学，地质学，生物学，计算机科学与技术。