武夷学院的校训是“涵养穷索，致知力行”。

校训中，“涵养穷索”出自《朱子语类》卷九，意指修身养性和苦心思索，反复探究，两者都不可或缺。它体现了武夷学院作为一所高水平应用型本科院校，致力于培养思想品德优良、专业基础扎实、富有创新精神和实践能力的高素质应用型人才的理念。同时，这也沿袭了武夷学院千年历史的传统，积极贯彻了"武夷精舍"的精神。