九院指的是经济与管理学院，在江宁校区，南京航天航空大学的下属学院现设有航空宇航学院、能源与动力学院、自动化学院、信息科学与技术学院、机电学院、材料科学与技术学院、民航学院/飞行学院、理学院、经济与管理学院、人文与社会科学学院、外国语学院、艺术学院共12个学院；设有无人机研究院、高新技术研究院、直升机研究所等68个研究机构；建有51个实验室，其中国家级重点实验室1个，部级重点实验室和部级开放实验室9个。

现有本科专业41个、一级学科博士学位授权点10个、二级学科博士学位授权点52个、硕士学位授权点127个、博士后流动站9个，涉及8个学科门类和37个一级学科。