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菏泽学院设有的主要专科有：材料成型及控制工程、 财务管理、产品设计、电气工程及其自动化、动画、汉语言文学、化学、环境设计、机械电子工程、计算机科学与技术、建筑学、金融工程、劳动与社会保障、历史学、美术学、能源化学工程、人文地理与城乡规划、日语、商务英语、生物工程、生物制药、食品科学与工程、视觉传达设计、书法学、思想政治教育、特殊教育、体育教育、统计学、舞蹈学、物理学、物联网工程、 物流管理、小学教育、心理学、音乐表演、音乐学、园林、园艺、自动化。