内蒙古农业大学成立于1952年，始称内蒙古畜牧兽医学院。

作为内蒙古最早建立的本科高等学校，她始终肩负着发展自治区民族教育事业的神圣使命和光荣任务。 到1974年，终于初步创立了开展民族教育的条件，在畜牧专业正式招收了校史上首个蒙汉双语授课专科班。随后，又经几年努力，在师资力量和办学条件方面做了进一步准备之后，于1978 年开始，在畜牧、兽医、草原等专业相继招收了蒙汉双语授课本科班，并通过坚持不懈， 深入探索，逐步创立了独具特色的“蒙汉兼通专业人才培养模式”，即“‘三段式’蒙汉双语授课专业教育教学模式”。1999年，内蒙古农牧学院与内蒙古林学院两校合并，成立内蒙古农业大学。当时学校已经拥有动物科学、动物医学、草业科学、林学、农牧业机械化及其自动化、农牧业经济管理、金融、食品科学与工程、牧医师资等9个蒙汉双语授课班招生专业。