该院目前与境外学校合作办学的主要模式有与英国伦敦城市大学合作举办的2+2模式电子信息工程本科专业，与澳大利亚斯运伯恩科技大学合作举办的2.5+1.5模式电子金融本科专业和与英国拉夫堡大学和伦敦大学合作举办的3+2模式材料科学与工程本硕连读专业。

对于学生成绩合格者，双方学校颁发学士学位，或者南京航空航天大学颁发学士学位，境外学校颁发硕士学位。该院合作办学项目紧跟国际最新专业发展趋势，旨在培养能在未来先进生产、文化领域从事科学研究、技术创新、高级管理和国际交流的时代精英和专业人才。学校现已同澳大利亚斯运伯恩科技大学、南澳大学，英国伦敦城市大学、拉夫堡大学、伦敦大学，法国巴黎第十大学，瑞典达拉那大学等境外学校开展了联合培养人才项目，进行了教师培训、学生交换、科研合作等项目。国际教育学院成立于2005年，是江苏省最早将中外合作办学设置在本一批次招生的院校单位（单列院校代码1703）。国际教育学院顺应教育国际化的发展需要，引进国际先进的办学理念和模式，依托南京航空航天大学优势学科和强势专业，利用学校优秀的师资力量和优质教育资源，广泛开展多层次、多样化的国际合作教育。