二者是不冲突的。

如果你大学学的是小语种专业，应该把小语种专业的语言证书考到手。因为没有这些证书，部分高校是不会颁发毕业证的，而且这些证书可以体现个人语言能力，对就业有很大帮助。在本专业语言证书考到手后，可以再把英语四六级考一下，因为有些工作对英语有明确的要求。当然，如果你能兼顾两种语言，同时备考也是可以的