专业型硕士学费（一般10000以上，大多在12000-15000之间）为一次性缴清，不按年缴费，并且沈阳药科大学药学硕士专业与其他不同专业收费标准也不尽相同。

学术型硕士的学费上限已有全国性规定。

2013年，国家财政部、发展改革委、教育部联合发布《关于完善研究生教育投入机制的意见》，提出2014年秋季学期起，向所有纳入全国研究生招生计划的新入学研究生收取学费，原则上，硕士生每生每年不超过8000元。