南京航空航天大学一共有63个专业，本科专业有63个，其中国家特色专业包含：交通运输（机场运行与管理）、交通运输（民航电子电气工程）、交通运输（民航机务工程）、交通运输（民航运输管理）、机械工程、交通运输、飞行器动力工程、自动化、信息工程、电气工程及其自动化、飞行器设计与工程、交通运输（空中交通管制与签派）、自动化（航空电子与控制）。