石河子大学的研究生院设有多个专业，涵盖了理学、工学、农学、医学、管理学、法学、教育学等领域。

具体包括但不限于数学与应用数学、计算数学、化学、物理学、生物学、环境科学与工程、农业水利工程、农业机械化及其自动化、农业工程、农业电气化及其自动化、动物医学、农学、水产学、水产养殖学、商品学、兽医学、农产品加工与贮藏工程、农业资源与环境、农业经济管理、企业管理、公共管理、法学等专业。