吉林大学南方研究院和吉大的研究生院在成立时间、研究方向、所在地区等方面存在一些区别：

1. 成立时间：吉林大学南方研究院成立于 2006 年 6 月 17 日，是一所集综合性、开放性、自主性、研究性、公益性工作为核心的研究机构。

吉大的研究生院则是在 1984 年 6 月成立的，是经国务院批准的全国 22 所重点大学首批试办的研究生院之一。

2. 研究方向：吉林大学南方研究院主要以南方经济政策研究为主，涵盖文、理、工、农、医多学科。而吉大的研究生院则涵盖了各个学科领域的研究。

3. 所在地区：吉林大学南方研究院位于珠海校区，而吉大的研究生院则位于吉林大学本部。

4. 学历认可：两者的学历都是国家认可的，但是毕业证上可能会有所不同。吉林大学南方研究院的毕业证上可能会写吉林大学珠海学院，而吉大的研究生院的毕业证上则写吉林大学。总的来说，吉林大学南方研究院和吉大的研究生院在研究方向、所在地区、学历认可等方面存在一些区别。