东南大学和西南大学交通运输专业哪个更强，需要综合考虑以下因素：

1. 学科实力：两所大学在交通运输专业的学科建设、师资力量、教学质量等方面的实力。

2. 研究领域：两所大学在交通运输相关研究领域的影响力和研究成果。

3. 就业情况：毕业生就业率、毕业生就业质量以及校企合作情况等。

4. 学科声誉：学科的国内外声誉和知名度。综上所述，具体哪个大学的交通运输专业更强需要综合考虑以上因素，并根据自己的需求、兴趣和目标来进行选择。此外，还可以参考相关排名和调研数据，进行更深入的比较和分析。