有“自动化”、“测控技术与仪器”、“生物医学工程”和“物流工程”4个本科专业。

其中，自动化专业是国家级特色专业、山东省品牌专业，并已通过国家工程教育专业认证。生物医学工程专业是山东省品牌专业。山东大学控制科学与工程学院拥有“控制科学与工程”、“生物医学工程”2个一级学科博士学位授予权和博士后流动站以及7个二级学科博士学位授予权和 9 个硕士学位授予权。