南京邮电大学和吉林大学通信工程专业各有其优势，它们在教学资源、学科专业实力、师资力量等方面都具有较高的声誉。

南京邮电大学的通信工程专业有着悠久的历史，学科专业实力较强。该专业在信息与通信工程、控制科学与工程、仪器科学与技术和电气信息技术领域有着较高的声誉。南京邮电大学通信工程专业注重实践教学，培养具备通信技术开发能力强、实践手段过硬的高级工程技术人才。吉林大学通信工程学院成立于2000-2001年，由原吉林工业大学信息科学与工程学院和原长春邮电学院通信工程系及相关专业整合组建。吉林大学通信工程专业具有通信与信息系统、控制理论与控制工程一级学科博士学位授权点和其博士后科研流动站。学院在信息与通信工程、控制科学与工程、仪器科学与技术和电气信息技术领域有着较高的声誉。综上所述，南京邮电大学和吉林大学通信工程专业都具有较高的教学质量和专业实力。您可以根据您的兴趣和需求选择适合自己的专业。如果您对南京邮电大学通信工程专业更感兴趣，可以考虑报考这所学校的研究生。如果您对吉林大学通信工程专业更感兴趣，可以考虑报考这所学校的研究生。祝您学业有成！