惠州学院有广东省普通高校重点学科（二级学科）1个，校级重点学科6个，校级重点培育学科6个。

广东省普通高校重点学科（二级学科）：文艺学校级重点学科：生物化学与分子生物学、检测技术与自动化装置、应用化学、基础数学、文艺学、服装校级重点培育学科：计算机应用技术、应用经济学、马克思主义理论与思想政治教育、土木工程、中国史、体育教育训练学。