海军航空工程学院是一所以培养海军初级指挥军官、航空航天工程技术军官为主的高等军事院校，是海军高等学历教育基地和科研中心之一。

学院设置23个系（部），拥有众多学科专业，涉及理学、工学、军事学和管理学4个学科门类。现有2个博士后科研流动站；2个博士学位授权一级学科，12个博士学位授权点；6个硕士学位授权一级学科；37个硕士学位授权点；6个工程硕士授权领域；27个本科专业，其中有8个全军重点建设学科专业领域；2个全军重点实验室；2个山东省重点建设学科。