日本果树以柑橘的栽培面积最大，其次是苹果，然后依次是柿、板栗、葡萄、梅、日本梨、桃。

苹果最大产区是青森县（53.6%），其次是长野县（20.2%）；葡萄主产区为山梨县（22.4%）和长野县（12.8%）；日本梨主产区为千叶县（11.9%）和茨城县（9.4%）；西洋梨主产区为山形县（58.5%）和青森县（8.4%）；桃主产区为山梨县（32.4%）和福岛县（16.3%）；李主产区为山梨县（29.6%）和长野县（13.0%）；樱桃主产区为山形县（65.2%）和北海道（11.9%）；梅和柿主要集中在和歌山。