南京博物馆的镇馆之宝，分别是玉串饰、战国错金银重络铜壶、郢爰、春秋金兽、东汉广陵王玺金印、错银饰青铜牛灯、东汉鎏金镶嵌兽形铜盒砚、青瓷神兽尊、南京竹林七贤与荣启期砖画、明釉里红岁寒三友纹梅瓶、明代金蝉玉叶、银缕玉衣、透雕人鸟兽玉饰、人面兽面组合纹玉琮、清代的金观音菩萨立像、明代的明鎏金喇嘛塔、明代的《坤舆万国全图》、明代的明青花寿山福海纹炉、明代的徐渭《杂花图卷》和民国沈寿绣品《耶稣像》 。

这20件分别从石器、陶器、玉器、书画、瓷器、艺术品等多个种类中，由专家选择和市民进行投票选择出来。这20件镇馆之宝中玉串饰、战国错金银重络铜壶、郢爰、春秋金兽、东汉广陵王玺金印、错银饰青铜牛灯、东汉鎏金镶嵌兽形铜盒砚、青瓷神兽尊、南京竹林七贤与荣启期砖画、明釉里红岁寒三友纹梅瓶都是国宝级文物。这些镇馆之宝有新石器时代、西汉、战国、东汉、西晋、明、清等各个时期的藏品。每个镇馆之宝都有他们独特的意义，比如战国时期的郢爰，郢爰是一种货币，它特别的意义在于他是我国最早的原始黄金铸币，郢爰这个名词的由来是以当时楚国的都城为名。