根据提供的信息，西南大学的农学研究生中，以下几个研究方向被认为是相对较好的：作物育种：这个方向的研究生将接触基因工程、分子标记辅助选择、转基因等领域的技术和方法，这些技术是目前作物育种的核心热点。

植物保护：植物保护专业的研究生将研究植物病虫害的防治和农业生态环境保护，毕业后的就业前景广阔，尤其是在农业部门、农药企业、种子公司和农业科研机构等领域有广泛的应用。农业资源与环境：这个专业的研究生将研究农业资源的开发利用和农业环境的保护，毕业生可以从事农业开发、土地环境评估等工作，具有较宽的应用面。