石河子垦区地处天山北麓中段，古尔班通古特大沙漠南缘，海拔高度差异较大，为灌溉农业区。

地形由南向北依次为：天山山区、山前丘陵区、山前倾斜平原、洪水冲积平原、风成沙漠区。石河子市是新疆生产建设兵团农八师师部所在地。位于石河子垦区的中部，天山北麓，准噶尔盆地南缘。地势平坦，自东南向西北倾斜。平均海拔高度450.8米。