军工专业从事的是军事科技的研发，比如北京理工大学的很多专业就是军工专业，毕业后成为科技研发人员，而军校是为了培养军队人才，专业涉及指挥，军医等，毕业后入伍提干成为军人。

差别最明显的就是有没有军籍了，军工专业大部分指的是地方的专业，上学期间并不是军人，而军校是有军籍的，入学即入伍，这是最大的区别了。