菏泽学院生物制药专业本科是四年制。

生物制药专业开设的主要课程有：无机与分析化学、生物化学、分子生物学、微生物学、发酵工程概论、药物合成、生物分离与纯化技术、生物药品检测技术、现代生物技术概论、生物制药工艺学、仪器分析等。专业培养目标是：本专业面向生物制药相关行业，培养掌握动物药开发研制、生产、检验、药事管理、药品经营等基本理论和基本技能，具有动物药品生产、管理、经营等方面的基本能力，适应生产、建设、管理、服务第一线需要的高等技术应用型人才。毕业生主要到企事业单位从事动物药和生物制品的生产、营销和管理工作。